묵호본당은 임당동 본당 관할 공소에서 1948년 6월 본당으로 승격되었다. 하지만 성전이 마련되지 않았기 때문에 초대 주임인 한 프란치스코(Francisco McGann) 신부는 묵호항 부근의 일본식 가옥에 임시 사제관을 마련하고 미사를 집전하면서 사목활동을 하였다. 1949년 8월 라 파트리치오(Patrick Reilly) 신부가 부임하였으나 한국전쟁 중 순교하여 묵호본당은 주임신부 없는 곳이 되었다. 

주임신부가 공석인 상황에서 신자들은 인근 삼척 본당으로 미사를 다녔고, 1954년에는 삼척 성내동 본당(1965년 교구분리에 따라 현재 원주교구 성당)관할 공소가 되었다.

전쟁 후 퀸란 교구장은 전쟁 당시 순교한 신부들을 기념하기 위해 세곳(소양로, 묵호, 삼척)에 성당을 신축하고자 하였고, 1957년 6월 현재의 성당 건물을 준공하고 주보를 '바다의 별'이라고 하였으며 성당 내에 성 김대건 신부의 유해 일부를 모셨다. 

묵호 본당은 지역사회의 가난한 가정의 자녀들을 위한 교육 사업을 목적으로 1968년 11월 남호실업중고등학교를 인수하여 남호고등공민학교로 개명하고 15년동안 교육 사업을 진행하였으나 1982년 2월 폐교하였다. 

1992년 1월, 원주교구 소속의 천곡동 본당이 아파트 밀집 지역에 신설되면서 관할 구역 내 신자들의 교적 정리가 이루어졌고, 이를 계기로 묵호 본당의 교세는 감소추세로  돌아서게 되었다.  

묵호본당의 신자들은 순교자를 모시고 있는 공동체로서 1974년 라 파트리치오 신부 순교비를 건립하였고, 매년 라 파트리치오 신부의 순교일 즈음에 추모의 날을 지내고 있다.

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